El Convenio sobre la Diversidad Biológica establece especial relevancia a la protección de los ecosistemas, los hábitats naturales y el mantenimiento de poblaciones viables de especies en entornos naturales como un compromiso de los países ratificantes a dicho Convenio. Un ecosistema, según definición del CDB es considerado como un complejo dinámico de comunidades vegetales, animales y de microorganismos y su medio no viviente que interactúan como una unidad funcional.

Con la necesidad de proteger los ecosistemas, surgió la necesidad de describirlos e identificarlos de manera eficiente. Vreugdenhil et al. argumentaron que esto podría lograrse de manera más eficaz mediante un sistema de clasificación fisonómico-ecológico, ya que los ecosistemas son fácilmente reconocibles en el campo, así como en imágenes de satélite.  Se sostuvo que la estructura y la estacionalidad de la vegetación asociada, complementados con datos ecológicos (como la altitud, la humedad y el drenaje) son cada uno modificadores determinantes que distinguían parcialmente diferentes tipos de especies. Esto es cierto no sólo para las especies de plantas, sino también para las especies de animales, hongos y bacterias. El grado de distinción de ecosistemas está sujeto a los modificadores fisionómicos que pueden ser identificados en una imagen y/o en el campo. Se agregan elementos específicos de la fauna, como la concentración estacional de animales y la distribución de los arrecifes de coral.

En cuanto a sistemas de clasificación fisionómico-ecológicos, se ha utilizado Mueller - Dombois & Ellemberg (1967, 1974) adoptado por la UNESCO.

Según el mapa de ecosistemas (2001) preparado por la CCAD de acuerdo a la UNESCO,  en América Central existen 114 tipos de ecosistemas, entre los cuales se destacan 65 bosques, 19 tipos de herbazales, 9 arbustales, 7 tipos de sabanas y 14 ecosistemas acuáticos, entre agua dulce y marinos. En Nicaragua existen 68 tipos representados (MARENA, 2000) que corresponde a un  60 % del total de la región.

El mapa de Ecosistemas y Formaciones Vegetales de Nicaragua  ha sido actualizado con imágenes 2006 en el marco del proceso de Análisis de Vacíos de Conservación de Biodiversidad qua ha realizado MARENA con asistencia técnica de TNC y apoyo de la Embajada Real de Dinamarca.