El endemismo se da para país, países y para la Región Centroamericana, según Ruedas (2000, UNAN-León). Una planta puede ser endémica a áreas muy restringidas cuando existen especies que a lo interno de un mismo país sólo ocurre dentro de una determinada área, entonces es endemismo para el país.

Se considera que el endemismo exclusivo para Nicaragua es de unas 50- 70 especies. Sin embargo, existe el endemismo compartido con países vecinos como Costa Rica y otros de Centroamérica. Sobre el endemismo exclusivo, muchas veces se debe a que faltan estudios de distribución en otros países o en el nuestro; un ejemplo es Jatropha costaricencis, que hace unos 5 años era endémica para Costa Rica, pero se colectó en Puertas Viejas, Matagalpa, donde existe una población bastante grande y hoy día es endémica compartida, entre Nicaragua y Costa Rica.

En Nicaragua al 2008 – 2009, se reportan un total de 104 especies endémicas de flora que representan un porcentaje de 1.94 %. La mayoría de estas especies (68%) se concentran en las montañas de la región norte-centro del país.

Aunque todos los lugares son importantes biológicamente porque en alguna forma albergan sus propias particularidades, a continuación algunas zonas con alto grado de endemismo:

1. La parte central alta de Tepesomoto, los macizos de Saslaya, Peñas Blancas, donde hay áreas de rocas caliza y Kilambé, todas con flora relicta por ser las montañas geológicamente más viejas del país con representatividad de especies pertenecientes a familias primitivas como: Lauraceae, Chlorantaceae, Annonaceae; otra de las particularidades de este sitio es que tiene muchas cimas rocosas dónde crece una vegetación dominada por gramíneas, ciperaceas y orquideas (Epidendrum spp por ejemplo), en Poaceaes se han encontrado 2 especies de Chusquea spp, una de ellas es nueva para la ciencia, la gente las utiliza para hacer artesanías y sirven de alimento al danto, una especie en peligro de extinción; otra particularidad son los farallones dónde crecen algunos helechos pequeños, algunas Ericaceas adaptadas a vivir en estas situaciones. En ambos macizos es muy difícil hacer colecta de especies que crecen en farallones y abismos (Ruedas, 2000).

2. La Reserva Biológica Indio Maíz, tiene un alto índice de diversidad, se han encontrado por lo menos 10 especies que son nuevas para la ciencia de diferentes familias (Dilleniaceae entre otras), muchas de estas especies son conocidas por la gente de la localidad -que la usan-, pero no por la ciencia; ejemplo el bejuco Quina (Sparattantelium amazonum, Hernandiaceae), se conoce en Costa Rica, Guatemala y recién colectada en Nicaragua (no está en la Flora de Nicaragua). (Ruedas, 2000).

La alta diversidad se debe a la cantidad de hábitat que se presenta , por ejemplo, existen Bosques de Galería de caños de aguas claras y de aguas oscuras (ácidos húmicos). Ondulaciones del terreno que hacen un efecto relevante en la diversidad, cerros de 400-500 m como el cerro El Gigante que alberga especies muy diferentes que la vegetación del piso a nivel del mar; también hay fenómeno de sombra o de corrientes encontradas que hace que llueva en la partes bajas y no en las partes altas, entonces se forma una especie de Bosque Seco en la cima donde se encontró una especie de palma (ya había sido también colectada en Panamá) aún no descrita por la ciencia. En Río San Juan se presentan especies que son exclusivas de Suramérica, algunas de las amazonas, ó especies que solo se han encontrado en los llanos de Venezuela pero también hay especies que vienen desde el sur de los Estados Unidos, México, Guatemala (Ruedas, 2000).

En Orquidáceas se cuentan con 24 especies endémicas; las Fabáceas 12; las Asteráceas 7; las Mirtáceas 6; las Rubiáceas 5; las Lauráceas y Mirsináceas tienen 4 especies endémicas cada una; las Asclepiadáceas y Viscáceas 3 especies cada una; las Acantáceas, Aráceas, Bignoniáceas, Convolvuláceas, Ciperáceas, Ericáceas, Rutáceas y Sabiáceas tienen 2 especies endémica cada familia.

Por otro lado, las Agaváceas, Bombacáceas, Cactáceas, Cesalpiniáceas, Campanuláceas, Clorantáceas, Cletráceas, Crasuláceas, Cucurbitáceas, Ebenáceas, Euforbiáceas, Lorantáceas, Piperáceas, Poligonáceas, Rosáceas, Sapindáceas, Sapotáceas, Simarubáceas, Stiracáceas, Teofrastáceas y Lamiáceas tienen 1 especie endémica cada familia.