Resguardar una colección de 80,000 muestras de especies arbóreas, la más grande del país sobre la flora de Nicaragua. La información del Herbario Nacional ha sido de vital importancia para la creación del primer mapa de ecosistema y vegetación de Nicaragua y el desarrollo de las bases de datos de la Red de Herbarios de Centroamérica

El objetivo del Herbario Nacional es identificar las distintas especies de plantas que existen en Nicaragua y su distribución natural en todo el territorio. Para ello, recolecta especies de que crecen en diferentes zonas para tener una idea global de la localización.