La Región Central, es la más montañosa del país. Se distingue de las demás regiones en su mayor parte un relieve desigual, las tasas de precipitación y las limitaciones de drenaje. Está formada por el Macizo Segoviano, geológicamente posee los suelos más antiguos del país.  En este macizo se encuentran la Sierra de Dipilto y Jalapa que constituyen las alturas más notables del país, siendo el Mogotón con 2,107 msnm la cumbre fronteriza más elevada del país; así como el cerro Jesús con 1,793 msnm; los montes de Quilalí y Telpaneca, los montes de Murra y de Macuelizo.  El Escudo Central Montañoso, comprendido desde el Macizo Segoviano hasta la llanura de San Miguelito, las estribaciones orientales y la Cordillera Chontaleña.  En ella se encuentran la Cordillera Isabelia con el cerro Kilambé con 1,745 msnm, los Macizos de Peñas Blancas con 1,650 msnm y el cerro Saslaya con 1,650 msnm;  la Cordillera Dariense con las montañas de Datanlí con el cerro El Chimborazo con 1,688 msnm y el cerro Musún con 1,312 msnm; y la Cordillera Chontaleña con las Serranías Amerrisque, Wapí y Yolaina.  En estas estribaciones nacen importantes ríos que vierten sus aguas en el Mar Caribe.

En esta Región se encuentran  23 áreas protegidas, con una extensión aproximada de 155,314.34 hectáreas que representan el 7 % del territorio. Las categorías que se encuentran en estas áreas son: Reserva de Recursos Genéticos (1), Monumento Nacional (1), Reserva Natural (20) y Paisaje Terrestre Protegido (1).