El Sureste de Nicaragua ha sido reconocido como una región que concentra una alta cantidad de biodiversidad en bosques húmedos, importantes recintos de desarrollo forestal y de fuentes de agua tanto superficiales como subterráneas. Estas áreas constituyen por su extensión, riqueza biológica y cultural, un tesoro ecológico de vital importancia para la consolidación del Corredor Biológico Mesoamericano. En virtud del interés por conservar este territorio se promocionó en 1988 el Sistema Internacional de Áreas Protegidas para la Paz entre Nicaragua y Costa Rica (SIA-PAZ). Asimismo ha sido ratificado la importancia del área fronteriza el Sureste de Nicaragua en el Convenio para la Conservación de Biodiversidad y Protección de Áreas Silvestres Prioritarias en América Central, firmada por los presidentes centroamericanos en el año 1992 durante su XII cumbre.

Posteriormente el 30 de Mayo de 1999, a través del Decreto Presidencial 66 –99,“Actualización y Precisión de Categorías y Límites de la Áreas Protegidas ubicadas en el Sureste de Nicaragua” , se conformó la “Reserva de Biosfera del Sureste de Nicaragua”, integrada por las siete Áreas Protegidas:

• Reserva Biológica Indio Maíz,
• Refugio de Vida Silvestre Los Guatuzos,
• Refugio de Vida Silvestre Río San Juan
• Reserva Natural Cerro Silva,
• Reserva Natural Punta Gorda,
• Monumento Nacional Archipiélago de Solentiname y
• Monumento Histórico Fortaleza de la Inmaculada Concepción de María

Se reconoce que la protección y conservación de estas áreas no se puede dar de forma aislada sino que requiere de un desarrollo sostenible en las áreas colindantes por lo que se gestionó en 2003 la ampliación de la Reserva a 18,340 km2 incluyendo Zonas de Amortiguamiento y de Transición. De esta manera se ajusta al modelo internacional y se integra a la red mundial del programa “El Hombre y la Biosfera” (Man and Biosphere, MAB) de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO).

Al mismo tiempo la Comisión Nacional de la Reserva de la Biosfera, decide cambiar el nombre a “Reserva de la Biosfera Río San Juan – Nicaragua”. La Reserva de la Biosfera Río San Juan – Nicaragua es compartida por los municipios de Bluefields, Rama, Nueva Guinea de la Región Autónoma del Atlántico Sur (RAAS) y los municipios El Almendro, San Miguelito, Morrito, San Carlos, El Castillo y San Juan de Nicaragua pertenecientes al Departamento Río San Juan.

Las Zonas Núcleo para la conservación a largo plazo se ubican en la Reserva Biológica Indio Maíz, los Humedales de los Guatuzos y las Serranías de Yolaina:

La Reserva Biológica Indio Maíz abarca la mayor parte del municipio de San Juan de Nicaragua, parte del municipio de El Castillo y parcialmente el área del municipio de Bluefields. Tiene una superficie de 3157 km2 de bosque húmedo tropical, humedales continentales, manglares, esteros y marismas. No se permite la extracción de recursos naturales de ningún tipo, ni la residencia temporal o permanente de poblaciones humanas.

Los Humedales de los Guatuzos con una extensión de 106 km2 ubicado en el municipio de San Carlos son parte del Refugio de Vida Silvestre Los Guatuzos. Está conformado por llanuras inundables donde predomina vegetación herbácea y algunas palmas. Es una zona inhabitable por su características de humedal.

Las Serranías de Yolaina con una extensión de 164 km2 son parte de la Reserva Natural de Cerro Silva en el municipio de Bluefields. En ellas domina el bosque húmedo tropical, en cuyas alturas nacen los ríos Kukra, Torsuani, Mahogany y Montecristi entre otros. Los indígenas Rama consideran más de la mitad de esta zona como su territorio de donde obtienen la mayoría de los bienes y servicios para su supervivencia.