Paralelo al Análisis de Vacíos de Conservación de Ecosistemas Terrestre, se está desarrollando el Análisis de Vacíos en los Sistemas Marino Costeros de Nicaragua, realizado por MARENA-TNC, precisando los estratos del Océano Atlántico y Océano Pacífico.

El análisis de vacíos de la información (análisis “GAP”) en ecosistemas marino costeros tiene la finalidad de identificar áreas de alta prioridad para conservación, dirigidas al cumplimiento del Programa de Trabajo de la Convención sobre Diversidad Biológica sobre áreas protegidas ratificada en la 7ª Conferencia de las partes que se realizó en Febrero del 2004, y que fue aprobado por 188 países (Corrigan et al., 2007). El Programa de Trabajo consiste en de varias actividades dirigidas a establecer y mantener para el 2012 un sistemas de áreas marinas protegidas nacionales y regionales representativas ecológicamente desde el punto vista nacional y regional

Nicaragua como parte de esta Convención debe cumplir con estas actividades del Programa de Trabajo.  Una de estas actividades es la realización del análisis “GAP”, para adoptar medidas dirigidas a establecer nuevas áreas protegidas o expandir las existentes, basados en el requisito de tener un sistema representativo de áreas protegidas para conservar adecuadamente la biodiversidad y ecosistemas terrestres, marinos y de aguas continentales; y también proteger áreas muy amenazadas o de alto valor.

Un componente esencial de la biodiversidad de Nicaragua, que no ha sido muy estudiado ni mencionado tanto como la diversidad terrestre, es el de los ambientes acuáticos, y principalmente los marinos y costeros. El país cuenta con la gran ventaja de disponer de dos costas: el litoral del Océano Pacifico, así como el del Mar Caribe. Tampoco se puede dejar de mencionar la presencia del Lago Cocibolca y otros numerosos cuerpos de agua de continentales, que en total suman  86 Cuerpos de Aguas Continentales, de los que cuatro son lagos, ocho lagunas, treinta y seis lagunas costeras de aguas salobres, tres embalses, 33 lagunetas y 2 lagunas invernales de aguas salobres (PREPAC,  2005).

La biodiversidad marino costera de Nicaragua se encuentra amenazada por actividades humanas como la pesca sin criterios ecológicos que permitan su sustentabilidad, la contaminación de las aguas por desechos sólidos y líquidos y otros cambios ambientales que no son bien entendidos todavía cómo actúan y cuantificados sus efectos (calentamiento global o las variaciones y fenómenos climáticos naturales). Por otra parte, la pobreza, el aumento de la demanda por alimentos y el aumento en el litoral Pacífico de la demanda de recursos turísticos, ejerce presión de uso de las playas y costas, por lo que resulta importante priorizar las zonas de mayor importancia para su conservación. En general, las áreas marinas protegidas de Nicaragua son un porcentaje mínimo si las comparamos con la extensión de ambas zonas económicas exclusivas dado que sólo un área alrededor de los Cayos Miskitos y franja costera inmediata en el Caribe ha sido declarada como área de reserva biológica marina (Decreto No. 43-91). En el Pacífico otras áreas protegidas, pero en la costa, son la playa de Chacocente y La Flor (refugio de vida silvestre), las reservas naturales del Estero Real, Volcán Cosiguina, Estero Padre Ramos y la Isla Juan Venado. Estas reservas, sin embargo, contienen actividades productivas como la pesca, la agricultura y la camaronicultura.

Las investigaciones sobre los recursos marinos costeros del Pacífico de Nicaragua se han realizado sobre algunos grupos de especies presentes en la pesca comercial y que son de importancia en las exportaciones. Se ha enfatizado en  evaluaciones de stocks por medio de modelos matemáticos o por medio de prospecciones con barcos de investigaciones y se han hecho algunos estudios específicos sobre estadios de madurez de langosta y distribución de algunos peces, particularmente pelágicos.

Existen bases de datos estadísticos anuales y mensuales de la producción pesquera y exportaciones desde la década de los años 60. En el caso de la camaronicultura existe desde los años 2000 una base de datos en sistemas de información geográfica con fines de catastro. Sin embargo, existe poca experiencia en el uso de sistemas de información geográfica para planificación integrada de zonas costeras, y la propia presentación sistemática de datos pesqueros en forma de mapas.

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