El país avanzó en la actualización del Mapa de Ecosistemas y Formaciones Vegetales con año base 2006. Este nuevo mapa se generó en el marco de los compromisos del país al cumplimiento de Acuerdos de la COP7 y del desarrollo del estudio Análisis de Vacíos en la Conservación de Ecosistemas y Biodiversidad en Nicaragua” (Análisis GAP) realizado por el  MARENA con apoyo de TNC y financiamiento de la Embajada de Dinamarca, que permitió reunir en el marco del estudio a los científicos  especializados en la materia de biodiversidad de nuestro país.

El Mapa actualizado de Ecosistemas y Formaciones vegetales de Nicaragua (2006) mantiene el total de 68 clases respecto al año 2000, con la diferencia que ahora se ha realizado un  aglomerado de 44 ecosistemas. Esta diferencia se debe a un cambio en la metodología que agrupa ecosistemas más similares y cercanos para facilitar su interpretación (Informe de Ecosistemas 2008, Alan Meyrat- TNC). Además de incluir 5 ecosistemas acuáticos (Embalse, Estuario, Laguna costera, Laguna cratérica y Laguna tectónica) y 1 cobertura de uso Agropecuario que aglomera 6 diferentes sistemas de usos. En el Informe GEO 2003-2006 se reportó los ecosistemas con el mapa del año 2000 que tenía un total de 68 ecosistemas y formaciones vegetales.

La metodología utilizada fue la misma del año 2000, sobre Sistema de Clasificación Fisonómica-Ecológica de la Vegetación de la Tierra de Mueller- Dombois & Ellemberg (1967), que es un sistema adaptable y fue adoptado por la UNESCO en 1974. Para definir la fisonomía se consideran las formas de vida que se presentan y pueden servir como especies indicadoras y estructura de la vegetación. Las características ecológicas se refieren a la altitud (bajura, submontano, montano bajo, montano alto), el relieve (plano, ondulado, abrupto), cercanía a masas de agua (costero, riberino), régimen de humedad (pantanoso) y salinidad, tipo de sustrato (rocas, acumulación de materia orgánica, etc.), en la mayoría de los casos las características son observables en el campo. Informe Análisis de Vacíos de Conservación TNC-MARENA 2009.

El estudio Análisis de Vacíos de Conservación permitió conocer el estado actual de la conservación de los ecosistemas  naturales y sistemas hidrológicos asociados contenidos en el SINAP; así como el grado de amenazas que para el establecimiento de metas y prioridades de conservación.